论文查重系统的使用在基本原理上查重系统是相同的，都是通过文本比对来检测文本相似度，但在具体应用上存在差异。

专科、本科和研究生毕业论文在内容复杂度和深度上存在差异。专科论文一般较为简单，研究深度和广度相对较低；本科论文则在专业性和研究深度上有所提升；研究生毕业论文较为复杂，一般要求有一定的研究创新性和深度。

查重系统对于不同类型的论文可能设置了不同的标准和阈值。专科论文由于研究深度较低，对于引用他人观点和资料的比例要求相对较高；本科论文在引用数量和引用来源的要求上可能更为严格；研究生毕业论文则对于文本原创性和研究创新性有更高的要求。

专科、本科和研究生毕业论文在撰写风格和文献引用方面也存在一定差异。专科论文一般较为简洁直接，文献引用相对较少；本科论文在文献引用和分析上可能更为深入和详尽；研究生毕业论文则要求对前人研究有较为广泛和深入的了解，引用文献更多样化和专业化。

虽然专科、本科和研究生毕业论文在使用查重系统时原理相同，但在具体应用上存在一定的差异，主要体现在研究深度、引用标准以及文献引用等方面。对于撰写不同类型论文的学生来说，需要根据不同要求灵活应对，确保文本原创性和学术诚信性。