当参考文献在论文查重的过程中被查重系统识别为重复内容时，可以采取以下几种策略来处理：

首先，需要仔细查看查重报告，确认被标记为重复的部分是否确实是参考文献部分。有时候，查重系统可能会误将正文中的某些内容或引用格式不规范的部分误判为参考文献重复。

如果确认是参考文献部分被查重，那么很可能是引用格式不符合要求。不同的学术期刊或会议对参考文献的格式有不同的要求。因此，需要按照目标期刊或会议的引用规范重新格式化参考文献，确保所有引用都符合标准。

如果参考文献本身没有问题，但由于与已有文献高度相似而被查重系统识别为重复，那么可以考虑以下几种处理方式，尝试更换引用顺序、调整引用格式或添加更多细节描述，以降低与已有文献的相似性。在引用参考文献时，确保只引用必要的部分，并尽量用自己的话进行转述。避免大段直接引用原文，以减少重复率。如果某些参考文献的引用对论文的贡献不大，或者可以通过其他方式来展示相关信息，那么可以考虑删除这些不必要的引用。

在处理参考文献被查重的问题时，与导师或同行进行讨论是非常有帮助的。他们可以提供专业的意见和建议，帮助你更好地理解和处理这个问题。

一些专业的查重软件不仅可以检测论文的重复率，还可以提供修改建议。利用这些软件的辅助功能，可以更快地找到并修改重复的内容。

在处理参考文献被查重的问题时，一定要保持学术诚信。不要试图通过不正当手段来降低重复率，如篡改数据、伪造引用等。这些行为不仅违反了学术道德，还可能对个人的学术声誉造成严重影响。