随着学术研究的不断深入，论文查重作为维护学术诚信的重要手段，受到了越来越多的关注。其中，论文合并查重作为一种新兴的查重方式，因其在处理多篇相关文献时，能够提供更为全面和准确的查重结果，而备受重视。然而，虽然论文合并查重在理论上具备高准确率的潜力，但在实际应用中仍然存在一系列问题。

尽管论文合并查重在理论上展现出了较高的准确率，但在实际应用中，其效果依赖于多种因素。例如，查重系统所采用的算法的复杂性、文献的语言与表达方式的多样性、以及查重数据库的更新频率等，都对合并查重的准确性产生了显著影响。在多作者合作、交叉引用及引用格式不一致的情况下，合并查重的结果可能会受到影响，导致误判或漏判现象的出现，从而影响学术评价的公正性。  不同查重系统在处理相似性检查时表现出明显的差异性。有些工具在较长文本或特殊学科领域中的查重准确率较高，而有些工具在处理短文本或一般性应用时可能存在错误判定的风险。

论文合并查重在提升查重准确性和效率的确有其独特优势，但仍存在不容忽视的问题。在引文格式、语句重组和多种语言混用等情形下，查重系统常常出现计算偏差，从而影响最终结果的准确性。此外，合并查重中存在的算法不完善、数据库覆盖面不足、针对新兴学术形式的兼容性差等问题，均可能导致查重系统的有效性受损。为提高查重系统算法的智能化水平、加强数据库的建设以及提供更为直观的结果解读方式。