引用文献会影响论文查重率，是因为查重系统在检测时，通常会将论文中所有文字内容与数据库进行比对。如果引用部分没有正确标注或格式不规范，系统就可能将引用的内容识别为抄袭文字，从而推高重复率。

查重系统本身是一种计算机程序，它主要通过比对文本相似度来工作。系统不会自动区分哪些是合理引用，哪些是抄袭。它只是按照设定好的规则，将提交的论文与其数据库中已有的大量文献进行匹配。当发现连续多字与数据库中的某篇文章重复，这部分文字就会被标记出来。因此，即便作者是合规引用，只要文字与数据库中的原文一致，查重报告里就可能出现重复标记。

影响查重率的关键，主要在于引用的方式。规范的引用有明确格式，比如使用引号，并在文中插入带方括号的序号，或者在脚注、尾注中注明出处，文末再列出详细的参考文献列表。这样，有些查重系统在计算重复率时，可能会将这部分引用内容排除在外，或者进行特殊识别。但如果引用时没有正确标注，比如直接复制了别人的句子却没有加引号、没写注释，查重系统就会将这段文字视为论文作者自己的撰写内容。一旦系统在别处找到一模一样的句子，就会判定为重复，导致查重率上升。

过度依赖引用也会带来问题。即使每处引用都格式正确，但如果一篇论文中引用的篇幅过长、过于密集，自己的原创分析和论述很少，查重报告仍然可能显示较高的重复比例。因为从技术上看，这些文字确实与已有文献重复。有些学校或期刊不仅看总重复率，还会关注“去除引用后的重复率”，就是为了评估作者真实的原创工作量。

要想让引用不影响查重，需要注意几个方面。一是确保每一处引用都严格遵循了规定的学术格式，该标引号标引号，该加注释加注释。二是在引用后，尽量用自己的语言去复述、总结或点评，而不是大段照搬。三是控制引用的总量，让论文的核心部分体现自己的观点和工作。在提交论文前，自己可以先通过查重系统进行一次检测，查看报告中哪些部分被标红，再对引用部分进行格式核对或语言调整。

合理且规范的引用是学术论文的必要组成部分，它本身不是问题。问题在于引用行为是否得当。通过正确的标注和适当的改写，完全可以在尊重他人成果的同时，维持一个合理的查重率。